Masa depan yang jauh, tahun 5012.
Invasi udara mendadak ke Bumi oleh ＜Alien＞ dan ciptaan mereka, ＜Machine Lifeform＞, membawa umat manusia ke ambang kepunahan. Manusia yang selamat mengungsi ke Bulan untuk menyusun serangan balik menggunakan pasukan ＜android＞ demi merebut kembali Bumi.
Namun, perang menemui jalan buntu karena ＜Machine Lifeform＞ terus berkembang biak tanpa batas. Sebagai tanggapan, umat manusia mengerahkan unit pasukan android baru sebagai senjata pamungkas: ＜YoRHa＞.
＜2B＞, yang baru saja dikirim ke Bumi, bergabung dengan ＜9S＞—seorang analis yang telah lebih dulu bertugas di sana. Di tengah misi mereka, keduanya menjumpai berbagai fenomena misterius…
Inilah kisah tentang para ＜android＞ tanpa nyawa tersebut dan perjuangan tiada akhir mereka demi umat manusia.
